Usando javac

Compilar classes com javac adicionando mais de um jar ao classspath:

javac -classpath lib/app1.jar:lib/app2.jar /projeto/src/Main.java -d /projeto/classes

Atenção: No Liniux o separador  é ":" e no windows é ";"

Fonte:
http://docs.oracle.com/javase/1.5.0/docs/tooldocs/solaris/javac.html